新千歳空港のレンタカーの貸し出して続きは、混みあうことが多く、軽く１時間はかかるとみたほうがいいと思います。
新千歳空港から、富良野・旭川までは、高速道路経由で、２〜３時間かかります。
そう考えると、初日に富良野と旭山動物園の両方を見るのはかなりキビシイですし、どちらか片方としても、充実した観光はできないと思います。
いっそのこと、新千歳空港から旭川まで、JR（乗換なしで特急が出ています）に乗り、旭川駅でレンタカーを借りるというはいかがでしょうか？
これなら、旭川まで車を運転する労力が不要で、あとの予定が楽になります