2、この場合は当日に旅行会社側からの指示を仰ぐことになると思います。旅行者が悪いわけではなくて、到着が遅れたりした場合はバス代込みのツアーだとしたらタクシーなど代替交通機関を手配してくれるのが普通です。
いずれにしても、旅行会社側が説明不十分なため、クレームをしても受け入れないといけないはずです。クレームを出すことができるかどうかはもう一度旅行条件書をよく読み、1の場合はスキーセットは宅配便で送ってください。2の場合は飛行機が延着した場合はスキー場までの交通機関代は各自負担になります。と書かれていた場合はクレームはできません。また、つなぎが25分しかないと説明を受けた上で旅行を申し込んだ場合はさらに厳しくなるでしょう。
万が一ありましたら、日本旅行業協会(参考URL)の消費者相談コーナーへ電話して見てください。手抜きしている旅行会社に何らかの処分が下されると思います。